ドリームワークス・アニメーション『マダガスカル』の人気キャラ、ペンギン軍団を主人公にしたスピンオフ作品。秘密の潜入捜査を続けるペンギンズが、かつて動物園でペンギンズに人気を横取りされ、深い恨みを持っていたタコのデーブに誘拐される事件が発生。人間に姿を変え、オクト博士として世界中のペンギンたちに復讐（ふくしゅう）を企てていることを知ったペンギンズが、スパイ軍団のノース・ウィンドと協力しながら、一世一代の特別任務を決行すべく奔走する姿が描かれる。
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